Pierwsze wzmianki o Biskupicach pochodzą z 1427 roku. Jak podaje Jan Długosz w Liber Beneficjorum, była to wieś położona na lewym brzegu rzeki Giełczwi.  W tym czasie właścicielami Biskupic byli biskupi krakowscy. W 1425 r. biskup Zbigniew Oleśnicki, w wyniku decyzji sądu ziemskiego, otrzymał prawo do wybudowania tutaj młyna.  We wsi istniał również od 1444 roku kościół parafialny, który został przeniesiony z Piotrawina nad Wisłą. Bliskość spławnej rzeki Wieprz zadecydowała o potrzebie utworzenia w tym regionie większego ośrodka. Przyszłe miasto zostało ulokowane naprzeciwko wsi Biskupice, na prawym brzegu rzeki Giełczwi.
W 1450 r. dzięki staraniom biskupa krakowskiego Zbigniewa Oleśnickiego, król Kazimierz Jagiellończyk wydał zgodę na założenie na tym terenie miasta na prawie magdeburskim; potwierdzenie tych praw nastąpiło w roku 1474 przez tego samego króla. Miastem miał zarządzać wójt. Król ustanowił w Biskupicach jarmarki, które odbywały się dwa razy do roku oraz targi we czwartki. Miasto nazwano Biskupice, na pamiątkę otrzymania w Rzymie przez Oleśnickiego godności biskupa. W 1452 r. biskup Oleśnicki ustanowił szlachcica Górskiego wójtem oraz pozwolił na budowę w mieście łaźni. Mieszkańcy Biskupic zostali zwolnieni z podatków od roli na okres 20 lat oraz na 10 lat z podatków od domów. Biskup zezwolił także na wolny wyrąb lasu, wypas bydła, bezpłatne pobieranie gliny i drewna oraz połów ryb w rzece.  Pomimo lokacji miasta, jeszcze w 1529 r. istniała wieś o tej samej nazwie. Została ona wchłonięta przez miasto dopiero na przełomie XVI i XVII wieku. Na przełomie XV/XVI wieku przy kościele działała szkoła parafialna, od XVIII wieku funkcjonował szpital dla ubogich. W okresie przedrozbiorowym istniała również biblioteka parafialna, bractwo różańcowe, literackie, kilka cechów rzemieślniczych. Własnością kapituły krakowskiej miasto pozostało aż do trzeciej dekady XVII wieku. Przed 1634 rokiem Biskupice przeszły w ręce prywatne. Nowym właścicielem został Paweł Piasecki.
W latach 1712-1727 z fundacji Remigiusza Piaseckiego, w miejsce drewnianego kościoła z 1627 wybudowany został nowy. Jego konsekracji w   1781 r. dokonał biskup Jan Lenczowski. W rękach rodziny Piaseckich miasto pozostało do XVIII wieku. W II połowie XVII w. Biskupice przeżywały okres wyludnienia i stagnacji. Jego przyczyną były wojny, które w XVII w. spustoszyły cały kraj. Podczas potopu szwedzkiego miasto zostało poważnie zniszczone, a w wyniku najazdu Tatarów w 1670 r. miasto całkowicie spłonęło.  W 1696 r. mieszkańcy Biskupic zostali srogo ukarani przez właścicieli miasta za odmowę płacenia coraz to większych danin.  W 1793 roku, w czasie obrad konferencji targowickiej, w Biskupicach miała miejsce koncentracja wojska polskiego, które zebrało się w obronie Konstytucji 3 Maja- 22 lipca 1792 roku połączyła się dywizja T. Kościuszki z dywizją ks. J. Poniatowskiego przed bitwa pod Kurowem. W latach 80-tych XVIII wieku w mieście wybuchł konflikt pomiędzy mieszczanami a ówczesną właścicielką miasta, Brygidą Radzimińską. Mieszkańcy odmówili odrabiania pańszczyzny oraz wysłali skargę do króla, oskarżając w niej właścicielkę o nadużywanie władzy. Skarga nie przyniosła jednak skutku. Radzimińska oskarżyła mieszkańców o bunt, co spowodowało wysłanie przez króla wojska do Biskupic. W więzieniu osadzono wówczas 4 przywódców buntu. Na początku XIX wieku Biskupice znalazły się w rękach dziedzica Zawadzkiego. Za jego czasów- w 1804 roku- w mieście wybuchł kolejny bunt. Zawadzki, by go stłumić, rozebrał kilka domów najbardziej opornych mieszczan oraz sprowadził do Biskupic grupę 54 żołnierzy. Wojsko przebywało w mieście przez 3 miesiące, podczas których biło zbuntowanych mieszkańców. Przywódcę buntu – Michała Otto skazano na 2 lata więzienia. Mieszkańcy Biskupic aż do 1863 roku odmawiali odrabiania pańszczyzny. Spór zakończyło mające miejsce w tym roku uwłaszczenie chłopów w Królestwie Polskim.
Rozwój Biskupic utrudniały także częste pożary. Miasto spłonęło w 1709 oraz 1815roku.  W 1852 r. Biskupice zostały zaliczone przez Radę Administracyjną Królestwa Polskiego do najniższego- VI rzędu miast. Około roku 1861 Biskupice przeszły w ręce rodziny Popławskich. W 1868 r. przestały być miastem prywatnym i tak, jak inne miasta zaczęły podlegać administracji państwowej Królestwa Polskiego, a w 1869 r. utraciły prawa miejskie.

Podczas I wojny światowej Biskupice zostały bardzo dotkliwie zniszczone. Pewne nadzieje przyniósł okres międzywojenny. Wybudowano nową szkołę i bóżnicę, otwarty został ośrodek zdrowia, uruchomiono działalność strzelnicy, zaprojektowano i wzniesiono budynek Urzędu Gminy. W okresie międzywojennym Biskupice stały się siedzibą gminy Jaszczów.

Podczas II wojny światowej Biskupice były siedzibą Organizacji Wojskowej „Wilki”. W Biskupicach mieściła się także placówka Armii Krajowej pod dowództwem por. Adolfa Futy   ps. „Dunin”, jak też Oficerska Szkoła AK działająca w prywatnym domu państwa Podniesińskich. Podczas aresztowań utraciło życie wielu konspiratorów:

Albin Okoński – zginął jako woźnica podwody koło Kowla   w 1941 r.

Mieczysław Boczkowski  ppor. rez. WP – zginął   w obozie na Majdanku

Kazimierz Gwiazda – zginął na Zamku Lubelskim 18.03.1944 r.

Jerzy Uryniecki, członek AK, podczas aresztowania znaleziono u niego pistolet – zamordowany na Zamku   w Lublinie 22.07.1944 r.

Antoni Paprota – zamordowany na Zamku Lubelskim 25.01.1943 r.

Stanisław Podniesiński – zginął podczas bombardowania    w Badebergu w Niemczech

Wacław Podniesiński, sekretarz Gminy w Piotrkowie – zginął w Oświęcimiu

Wacław Świtacz – zginął w Niemczech na robotach przymusowych

Gustaw Wąsikowski por. WP – aresztowany i zamordowany w obozie zagłady

Adolf  Futa ps. „Dunin” por.  d-ca Placówki AK Biskupice – zamordowany przez UB 22.02.1945 r.

Antoni Wroński – oficer Wojska Polskiego zamordowany w Katyniu przez NKWD 2.04.1940 r.

Aresztowani i osadzeni na Zamku 7.07.1942 r.:

Henryk Abramowicz, Antoni Aksamirski, Jan Bolesta, ks. Jan Karauda – kapelan AK, Bolesław Kordzielewski, Franciszek Kordzielewski, Zofia Kordzielewska ps. Benedyczka, August Mazurkiewicz, Wacław Romanowski, ks. Rzeszutko, Antoni Anusiewicz.

Rozstrzelani 27.04.1943 r. w Siedliszczkach: Stanisław Michalak ps. Słoń, Edward Śliwiński, Stanisław Kordzielewski.

Przed II wojną światową w Biskupicach żyła duża społeczność żydowska. Pierwsi Żydzi w Biskupicach pojawili się najprawdopodobniej po 1634 roku. Wcześniej biskupi krakowscy nie pozwalali na osiedlanie się w mieście ludności żydowskiej.

W okresie międzywojennym pod nadzorem gminy żydowskiej znajdowała się drewniana synagoga (pierwsza wzmianka o bożnicy pochodzi ze spisu z 1860 roku; był to obiekt drewniany – spłonął w 1921 roku).  W jej miejsce w 1926 r. wystawiono nową, murowaną bożnicę – zdewastowaną przez Niemców w czasie II wojny światowej. Poza synagogą znajdowały się: bet midrasz (miejsce studiów Tory – szkoła), budynek kahału (gminy), mykwa (łaźnia), rzeźnia rytualna oraz dwa wspomniane wcześniej cmentarze. W 1921 r. w Biskupicach mieszkało 885 osób, w tym 129 Żydów. W 1930 roku na czele gminy żydowskiej stał rabin Hersz Friedling. Funkcję pomocnika rabina sprawował Jankiel Dawid Laksa z Puchaczowa. Podczas II wojny światowej, we wrześniu 1940 r. w Biskupicach Niemcy utworzyli getto. Znalazło się w nim około 500 Żydów. W późniejszym okresie do getta przybył transport około 200 osób z Krakowa. W 1941 r. liczba Żydów uwięzionych w Biskupicach wynosiła około 650.  Do 1942 r. zmarło około 200 osób, przede wszystkim wskutek głodu i katastrofalnych warunków życia. W lutym 1942 r. transport Żydów z Biskupic został skierowany do obozu zagłady Żydów w Bełżcu. Getto zostało zlikwidowane w marcu 1942 roku. Większość ludności żydowskiej Biskupic zginęła   w niemieckim obozie zagłady w Bełżcu. Niemcy zniszczyli wewnątrz synagogę, a także należące do Żydów domy mieszkalne. Dziś możemy jedynie zobaczyć pozostałości cmentarza żydowskiego w Biskupicach, który został założony w połowie XVIII wieku na wzgórzu dawnego grodziska. Ostatni pochówek odbył się tu na przełomie XIX i XX wieku. Najstarsza zachowana macewa pochodzi z 1792 roku. Nowy cmentarz żydowski w Biskupicach został założony   na przełomie XIX i XX wieku. Zachowały się na nim dwie duże macewy wykonane z piaskowca. Jedna z nich, pochodząca z 1935 r., druga macewa, podobna, z 1929 roku.